南通大学附属瑞慈医院创建于2000年，2002年正式开院。是集医、教、研于一体的三级乙等综合性医院。是南通市三家高等级大型综合医疗机构之一，是城市东南区域医疗中心，国家住院医师规范化培训协同基地，南通大学教学医院。医院隶属于上市综合医疗集团——瑞慈医疗（股票代码:HK01526）。
医院地处南通新城区、经济开发区、狼山风景区交汇处，环境优美，交通便捷，园林式医院。占地面积200亩，规划建筑面积25万平方米，规划床位2500张，现核定床位800张，开放床位1000张。医院科室设置齐全，共有34个临床医技科室、20个病区，拥有国家级、省、市临床重点专科10个，形成一批高水平有特色的优势学科群。
医院配置256排CT、3.0T核磁共振、大平板DSA、直线加速器、伽马刀、PET-CT、3D高清腹腔镜等大型先进医疗设备。全方位深度接轨上海名院，与上海瑞金医院、中山医院、华山医院、第六人民医院、胸科医院等著名三甲医院建立紧密合作关系，进行科室合作、人员进修、学术交流、科研合作，不断提升学科水平。
2018年，医院以创三甲综合医院为目标，二期发展建设项目动工，新建主病房大楼、妇儿医院等，其中妇儿医院计划2021年下半年启用，综合病房楼2022年下半年启用，启用后床位将达到1500张。并将着力打造心脏病中心、肿瘤中心、创伤中心、脑病中心、老年病中心、妇儿中心六大医学中心。全力嫁接上海名院优质医疗资源，努力把医院建设成以医疗、养老、康复三位为一体、有特色的区域医疗中心和省内民营医院的示范样本。
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