医院成立于1988年，南通地区 唯一一所公立口腔专科医院，临床科室设置齐全，拥有口腔专业一级学科八个，口腔内科、口腔颌面外科、口腔修复科、口腔种植科、口腔正畸科、口腔预防保健科、急诊综合科、麻醉科；二级学科四个，牙体牙髓病科、牙周病科、粘膜病科、儿童牙病科 ；医技科室五个。其中牙体牙髓黏膜病科、牙周病科和正畸科是南通市临床重点专科，种植科是南通市临床特色专科。
医院现为江苏省口腔医学会副会长单位、南通市医学会口腔医学分会主任委员单位，南通市口腔医疗质量控制中心，南通大学附属南通口腔医院、南京医科大学教学医院、兰州大学教学医院、苏州卫生职业技术学院教学医院，国家住院医师规范化培训基地协同 医院，上海九院领衔的“国家口腔疾病临床医学研究中心”核心单位，上海九院“牙颌面畸形诊治”、“ 牙体牙髓疑难疾病诊治”、“牙周疑难疾病诊治”、“口腔正畸”、“儿童口腔”和“种植临床与研究”六大专科联盟成员，韩国登腾种植牙南通技术交流中心、南通市基本医疗保险定点单位、南通市口腔卫生干预项目指定医院。医院集医疗、预防、教学、科研为一体，承担着南通市及周边地区广大居民口腔疾病临床诊疗和预防保健任务。
医院医疗设备先进，拥有德国锥形束口腔CT、曲面断层全景X光机、数字化放射影像系统（DR）、X线头影测量系统、蔡氏口 腔显微镜、德国史塞克正颌外科动力系统、瑞士种植机等国际先进医疗设备。
医院现有国家级理事1人、专委会常委3名、其他国家级口腔专业委员8名；省口腔医学会副会长1名，省级专委会副主任委员5名、常委、委员、青委18名；市级主任委员1名、副主任委员1名、委员14名。高级职称45人，中级职称63人，口腔硕士、博士39人，其他硕士7人。
承担南京医科大学和南通大学口腔医学专业本科的临床教学，以及南通大学部分本科专业口腔医学理论授课。有南通大学兼职教授5名、讲师6名。省级课题2项、市级课题6项，南通市新技术引进二、三等奖6项，发表SCI文章2篇。
南通市口腔医院作为南通市医学会口腔医学分会主任委员单位，承担着指导全市医疗机构开展牙病防治及进行全市口腔卫生 干预的任务，常年有一支专业的牙防队伍，深入到学校、机关、企事业单位进行口腔健康知识宣传和义诊，每年免费为崇川区四 万名小学生进行口腔检查和五千余名儿童进行窝沟封闭治疗，为南通地区儿童口腔健康促进作出积极的贡献。
医院实行24小时值班制，口腔急诊综合科、口腔正畸科开展午间门诊、夜间门诊至晚上9点，节假日照常门诊。多年来先后 被评为“创建文明卫生行业示范点”、“南通市文明单位”、“南通市文明诚信窗口”、“价格诚信先进单位”、“南通市创十 佳医院先进单位”、“南通市医院管理年先进集体”、“南通市无红包医院”。近三年来，医院在南通市卫生局组织的医疗行风 第三方满意度调查中，患者满意度一直居南通地区26家二级以上医院前列，深受患者的好评。
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