南通市中医院始建于1956年，是首批“三级甲等中医院”和“全国示范中医院”之一、南京中医药大学南通附属医院和南通大学附属中医院。先后荣获“全国红旗单位”、“全国医药卫生先进集体”、“国家中医药局创先争优先进集体”、“省、市文明单位”、“省抗非先进集体”、“江苏省五一劳动奖状”、“省院务公开先进集体”、“省、市医院管理年活动先进单位”、“南通市服务经济建设最佳单位”、“南通市先进基层党组织”、“市十佳医院”、“无红包医院”等称号。
医院科室设置齐全，人才济济，设备先进，专科特色显著。共有一级临床和医技科室25个，二级临床科室13个，核定床位800张。医院现有职工1073人，具有高级职称者196人，硕博士144人。已故的朱良春先生为国医大师。有全国名中医2人、省名中医3人、市名中医12人、享受国务院专家特贴6人。全国及省名老中医药专家带徒13人，全国优秀中医研修人才7名，省中医药领军人才1名，省333工程第三层次培养对象1名。国家级名医工作室2个，分别是朱良春国医大师名医工作室和邵荣世学术传承名医工作室。
目前，中医外科为国家中医药管理局重点专科;外科为国家卫计委中医临床重点专科建设单位、脾胃病科为国家中医药管理局重点专科建设单位;中医外科学和中医脾胃病学通过“十二五”江苏省中医药重点学科验收。脾胃病科、骨伤科、妇科，肺病科、肾病科为省重点专科，风湿病科为省重点建设专科。另有11个市级重点专科。
建院以来，先后荣获科研成果奖近150项，其中“季德胜蛇药片”、“拔核疗法治疗瘰疬”、“新药金荞麦”为国家级成果。出版著作37部。
医院连续多年实现跨越式发展。时任国家卫计委副主任、国家中医药管理局局长王国强、国家卫计委副主任马建中等领导曾先后多次来院指导，充分肯定医院各项工作取得的成绩，并对今后发展提出殷切期望。
南通市中医院人正以“继承、创新、求实、奋进”的精神风貌，向着现代化中医院的目标迈进!
医院文化理念(宗旨)：绿色文明，呵护生命
医院精神(院训)：继承、创新、求实、奋进
办院方针：办院方向明确，中医特色更显，中西结合创新，全面发展提高
医院形象用语：中医很优秀，西医也一流
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